1、隶属组织不同：中统隶属党务系统，由直接掌管；军统隶属民队系统，由军队最高将领主持工作。

2、工作内容不同：中统的工作内容是监控机关内部，打击其他党派；军统的工作内容主要在于整治、监视军队，并收集情报。

3、管辖范围不同：中统管辖、学校、行政机关，社会舆论思想教化问题。军统管辖军队、警宪和全国区域的交通部门。