机要邮寄和EMS的主要区别在于邮寄方式不同、邮寄单位不同和收件范围不同：

1、邮寄方式不同

机要邮寄是一种比较特殊的邮件种类，它与其它普通邮件有不同的分拣、投递以及接收等邮寄方式，在邮局里有专门的途径来保障邮寄线路的安全；而EMS邮寄方式和普通快递是一样的。

2、邮寄单位不同

EMS是Express Mail Service的简称，它指的是邮政的特快专递服务，服务于所有人，在中国境内是由中国邮政提供的快递服务；而机要邮寄指的是由党、政、军以及企等保密部门通过机要通信或派专人送取的邮件传递形式。

3、收件范围不同

机要邮寄主要收取国家机密文件、重要资料的传递和档案等；而EMS除了明确禁止的物品以外，大部分东西都可以收取邮寄，比如衣服、水果、纸质文件和酒水饮料等。