口感、用料、做法、外形不同。芝士蛋糕也可以叫乳酪蛋糕，主要以芝士为原料制作而成的蛋糕。其分类众多，有重乳酪蛋糕、轻乳酪蛋糕、半熟芝士蛋糕等。巴斯克蛋糕属于芝士蛋糕的一种。

口感区别：巴斯克蛋糕的外皮焦黑，内部是湿润绵密的芝士，烤制后需要进行冷藏一夜后再品尝，奶酪的甜味和表层的焦香在口中散开，相当柔软丝滑。芝士蛋糕相比于巴斯克蛋糕来说更清甜细腻。

用料区别：巴斯克蛋糕主要使用低筋面粉、无盐黄油、细砂糖进行制作，外部使用油酥面团制作，内部用糕点奶油制作每个家庭都会有自己独特的秘方。芝士蛋糕则是使用奶油奶酪、鸡蛋、糖、奶油、牛奶、酸奶酪等制作，种类也有很多，有蓝莓芝士、蜜豆芝士等等。

做法区别：巴斯克蛋糕使用黄油、糖、鸡蛋制作奶油，用高筋面粉制作摸底，而芝士蛋糕先使奶酪变软后加入黄油制作摸底，加入蛋黄、酸奶、柠檬汁制作奶油。

外形区别：巴斯克蛋糕的外部呈现出灰褐色，外部轮廓非常不平整，芝士蛋糕的外部非常光滑。

严格说巴斯克蛋糕属于重芝士蛋糕的一类，因为无需分蛋打发，直接搅拌烘烤即可。它和重芝士蛋糕最大的区别在于材料中糖的比例高，烘烤时采用高温，使蛋糕表层焦糖化，呈现出焦糖色的硬壳。有了这层硬壳，这款蛋糕无需像重芝士一样加饼底了。