药师兜一开始是间谍的形象，是大蛇丸的手下，属于坏人的行列，但是在结局中被洗白，最后成为了孤儿院的院长。

药师兜是从事间谍的工作，收集各国资料为木叶村效力，但是在这期间他也一直为大蛇丸工作，中间不知出于何种原因，药师兜被木叶村抛弃，在和鼬的战斗中他也说过，我和鼬为木叶村做了这么多，没想到换来了竟然是污名。所以说药师兜对木叶村也有一定的仇恨。

兜在前期的剧情中几乎是配角的形象，他看到别人一个个都有很强大的能力，自己这么渺小，从来没有人正眼看过自己，于是选择了自己的道路，利用大蛇丸多年的资料，将他的细胞转移到自身的体内，随后去了龙地洞学习了仙术。为了引发战争，决定四处寻找尸体使用秽土转生，还发现了宇智波斑的尸体，这是他最大的收获。

兜这么做的目的就是想让大家认识到自己的存在，鼬非常清楚他的这一点，决定利用伊邪那美让他重新认识自己的错误。随后在佐助受伤的时候，兜赶来救援，他已经找回了迷失的自我，解开了伊邪那美的束缚。