“九一八”事变，撤出华北，高级军官金戈冒死回到东安城内，想要接走自己的母亲和新婚妻子柳文婷。但日军已然进城，柳文婷被逼自尽，金戈被抓。我党地下工作者救出金戈，希望他能前往根据地，运用自己的军事知识与八路军共同抗日。然而金戈对八路军的作战能力持怀疑态度，他选择独自留在东安城附近杀鬼子。一次偶然的不打不相识，金戈遇到了我敌后抗日游击队队长戴金花，与他们一起击退了鬼子。从最初的互相看不上眼，到一起浴血奋战，金戈从戴金花身上看到了真正的抗日精神。他们成为一支活跃在敌后的抗日武装，极大地牵制了龟井的军事力量。1945年，日军在各个战场上节节败退，龟井想要在东安城实施“死海”计划，全城百姓生命安危悬于一线，金戈与金花带领队员潜入东安城，最终成功制止了“死海”计划，共同迎来了抗日胜利的曙光。

战旗在故事的设置上是紧张刺激的抗战与嬉笑怒骂的麻辣冤家相结合。艺术包装环节，服装时尚皮靴、牛仔衫、马甲、围脖儿、雷朋眼镜一样不少。在电脑特技的点缀下，爆炸、弹道和鲜血都较为逼真，音效的制作也非常精良；摄影更是可圈可点，构图、调色都像电影级别靠拢。除了打造“年轻态”的观众体验，还用了其他的手段来加强效果，最明显的就是“江湖”成分。剧中王媛可所扮演的戴金花，台词中多次出现“全民皆兵”的概念——剧中的农民、山匪、土八路、正规军都是抗战的生力军，表现了远离庙堂之高的民间正义。该剧把沉重久远的抗战题材，转变成高富帅和野蛮女友的故事，是该剧特色之一。金戈和戴金花一个是留洋归来家道殷实的军事天才，一个是风里来雨里去混在男人堆里的“穆桂英”，两人在共同抗战的大前提下情愫暗生。当常见尺度的大男子主义，碰到少见的暴脾气烈女，感情戏码既好看又感人。