甄可意是无极网的见习记者，1个爱好中性打扮，表面神经大条却内心柔软的女汉子。在第一天上班她遇上了意外醒来的甄骏，因外貌神似甄骏的哥哥甄像而被甄骏误认。可意一开始感觉甄骏是个麻烦事，但在逐渐共处中可意喜歡上了这一个来自于古代的男孩。城市女白领甄可意，第一日到无极网工作，偶然间破坏了沉睡仓增加能量的电磁场，导致在沉睡仓中沉睡的甄骏清醒。甄骏误认为外貌神似甄像的甄可意是他哥哥，直至甄骏被甄可意带进家里，甄骏在甄可意和程菲菲的解释下才知道自己不仅未死，竟还到了了1800年后的现代社会。无家可归的甄骏被甄可意收留，2人开始了哭笑不得的同居生活，从而进行了1段甜蜜唯美的爱情故事。
亲爱的活祖宗传递了爱情的永恒不被時间所束缚，这一点从剧里台词“下辈子，下下辈子”及“在他们的星球，死亡并不是终点，而是新的开始”能够得到印证。最后留下来了1个开放性的结局，实际上是留给每一名观众想象考虑的空间。