《御赐小仵作》结局是薛汝成被萧瑾瑜设计击杀了，冷月和景翊走到了一块儿，楚楚恢复了御赐仵作的身份而且和萧瑾瑜成婚了，允许她随佐萧瑾瑜察疑断狱，惩恶扬善。

楚楚变成萧瑾瑜的仵作搭档后，与他组合成的四人团队协作配合默契，一步一步解开谜底，最后解决了18年前甘露之变受害人驸马爷萧恒的冤假错案，为其沉冤昭雪。同时，楚楚和王爷的身份谜团也深陷在其中，伴随着18年前旧案水落石出，楚楚和萧瑾瑜的身份谜团也渐渐被解开。18年前，发生了在历史上知名的“甘露之变”，六扇门神探萧恒，也是那时候西平公主的驸马爷，奉命去西南平乱，想不到反被当地的叛党污蔑。皇上派大太监秦栾前往帮助调查，秦栾与叛党串通，假传圣旨想去除萧恒，造成 萧恒被叛党杀害。当时驸马爷死讯传过来后，公主现已拥有身孕，晓得驸马爷的死疑点重重后，公主为了能保护肚子里的小孩，对外部假称生下孪生子，将提早报来的小孩与萧瑾瑜一块儿养大。萧瑾瑜打小便拥有爸爸萧恒一样的探案天资，依赖爸爸遗留下的手札和薛太师的教育，长大以后变成长安一号神探，小小年纪就执掌三法司。楚楚的身份也并不仅仅是仵作世家独生女这么简单，她是那时候那一场叛乱中节度使偏将云易的闺女。云易也是当时的叛贼之一，一家人受到灭门，老婆许氏带上闺女躲进娘家，才躲过一劫。许家晓得事实真相后，怕今后被牵涉，故此设计逼死楚楚的妈妈，楚楚也为此沦落民间，被楚家人救下。