电视剧《秘杀名单》围绕和争夺一份秘杀名单的故事展开。

1949年，保密局副局长严敬尧联合一批人制定了一份“秘杀名单”，名单上都是写有起义倾向或者联共倾向的高级军官的名字，还有些国统区的爱国人士，打算将这些人全部除掉。

得知这个消息后，联系潜伏在的地下党员沈剑秋，要他务必找到这份秘杀名单，保护好名单上的人。沈剑秋潜伏在数年，已经是上海中心局情报处处长了。

保密局上海中心局局长严敬尧、副局长方汝州、保密局特工叶梦馨、特工林怡等人都很关注这份秘杀名单，每个人都有自己的小秘密。

叶梦馨是沈剑秋母亲的养女，从小暗恋沈剑秋，可沈剑秋喜欢的是女军医夏冰。林怡喜欢的画家陶公亮是桂系安插在上海分部的卧底，可陶公亮喜欢的人是沈剑秋小妹沈若兰，几个年轻人因为爱情郁郁不得志。

秘杀名单被严密保护起来，林怡被委以保护秘杀名单的重任，可、中有意向投靠的人和上海青帮都盯着这份秘杀名单，终于成功保护了名单上的大多数人。